สำนักวิศวกรรมยานยนต์ใข้ชื่อเดิมว่า "กองวิศวกรรมการขนส่ง" ต่อมาปี พ.ศ 2545 ได้มีพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราขการกรมการขนส่งทางบกเสียใหม่ โดยเปลี่ยนชื่อจาก "กองวิศวกรรมการขนส่ง" เป็น "สำนักวิศวกรรมและความปลอดภัย" และต่อมาในปี พ.ศ 2552 อาศัยอำนาจตามความในมาตรา 80 แห่งพระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการแผ่นดิน (ฉบับที่ 4) ได้มีพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราขการกรมการขนส่งทางบกเสียใหม่ เปลี่ยนชื่อจาก "สำนักวิศวกรรมและความปลอดภัย" เป็น "สำนักวิศวกรรมยานยนต์" จนถึงปัจจุบัน